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En 1959 se construyeron las primeras jaulas seguras para alojar a los pocos animales existentes, se oficializó el proyecto zoológico y se autorizó la adquisición de animales. En 1961 se dio la certeza cronológica de su fundación y se abrió un rubro en el presupuesto para alimentación, mantenimiento y manejo de los animales como cóndores (Vultur gryphus), tigres de Bengala (Panthera tigris tigris), Águilas y Flamencos de la costa Atlántica Colombiana.
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En 1968 se recibió la visita de altas personalidades de la República Mexicana y contactan este zoológico con el de Chapultepec. Así se adquirieron animales como un elefante asiático, una cebra (macho), dos hipopótamos, babuinos sagrados (Papio hamadryas) y antílopes sables, ampliándose la colección.
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Su colección se mantuvo de manera general hasta 1993 cuando llegan en comodato algunos animales de la fauna africana procedentes de la hacienda Nápoles.
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En 1999 se establece el departamento educativo con el fin de coordinar programas de educación ambiental orientados a la conservación de la biodiversidad de Colombia y la importancia de todas las especies de fauna flora silvestre.